研究業績 (2004, 2005)

[原著] [学会発表] [単行書] [研究報告書] [その他] (written in Japanese and English)

原著

  1. N. Funasaki, M. Fukuba, T. Kitagawa, M. Nomura, S. Ishikawa, S. Hirota and S. Neya : Two-Dimensional NMR Study on the Structures of Micelles of Sodium Taurocholate. J. Phys. Chem. B, 108, 438-443 (2004)
  2. S. Neya, T. Hoshino, M. Hata and N. Funasaki : Influence of Metallo Core Variation on 1-Methylimidazole Ligation to the Iron(III) in Porphyrin, Porphycene, Corrphycene, and Hemiporphycene. Chem. Lett., 33, 114-115 (2004)
  3. N. Funasaki, T. Sumiyoshi, S. Ishikawa and S. Neya : Solution Structures of 1:1 Complexes of Oxyphenonium Bromide with β- and γ-Cyclodextrins. Mol. Pharmaceutics, 1, 166-172 (2004)
  4. H. Ogata, T. Fukuda, K. Nakai, Y. Fujimura, S. Neya, P. A. Stuzhin and N. Kobayashi : Absorption, Magnetic Circular Dichroism, IR Spectra, Electrochemistry, and Molecular Orbital Calculations of Monoaza- and Opposite Diazaporphyrins. Eur. J. Inorg. Chem., 2004, 1621-1629 (2004)
  5. K. Mori, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino : MD Simulation of Asymmetric Phospholipid Bilayers with Ions and Cholesterols. Chem-Bio Inform. J., 4, 15-26 (2004)
  6. N. Funasaki, S. Ishikawa, S. Hirota, S. Neya and T. Nishimoto : Structure and Ethanol Complexation of Cyclic Tetrasaccharide in Aqueous Solution Studied by NMR and Molecular Mechanics. Chem. Pharm. Bull., 52, 708-713 (2004)
  7. N. Funasaki, S. Ishikawa, and S. Neya : 1:1 and 1:2 Complexes between Long-Chain Surfactant and α-Cyclodextrin Studied by NMR. J. Phys. Chem. B, 108, 9593-9598 (2004)
  8. M. Hata, Y. Hirano, T. Hoshino, R. Nishida and M. Tsuda : Theoretical Study on Compound I Formation in Monooxygenation Mechanism by Cytochrome P450. J. Phys. Chem. B, 108, 11189-11195 (2004)
  9. T. Hoshino, M. Hata, S. Neya and H. Morinaga : Adhesion Mechanism of Metal Impurities on Si Wafers in Alkali Solution. J. Electrochem. Soc., 151, G590-G597 (2004)
  10. T. Osakabe, Y. Fujii, M. Hata, M. Tsuda, S. Neya, T. Hoshino : Quantum Chemical Study on Base Excision Mechanism of 8-Oxoguanine DNA Glycosylase: Substrate-Assisted Catalysis of the N-Glycosidic Linkage Cleavage Reaction. Chem-Bio Inform J., 4, 73-92 (2004)
  11. Y. Mie, C. Yamada, G. P.-J. Hareau, S. Neya, T. Uno, N. Funasaki, K. Nishiyama and I. Taniguchi : Functional Evaluation of Heme Vinyl Groups in Myoglobins with Symmetric Protoheme Isomers. Biochemistry, 43, 13149-13155 (2004)
  12. S. Neya, J. Quan, T. Hoshino, M. Hata and N. Funasaki : Convenient Synthesis of Porphine from β-Tetra(tert-butyl)porphyrin. Tetrahedron Lett., 45, 8629-8630 (2004)
  13. A. Tsuneshige, K. Kanaori, U. Samuni, D. Danstker, J. M. Friedman, S. Neya, L. Giangiacomo and T. Yonetani : Semihemoglobins, High Oxygen Affinity Dimeric Forms of Human Hemoglobin Respond Efficiently to Allosteric Effectors without Forming Tetramers. J. Biol. Chem., 279, 48959-48967 (2004)
  14. N. Pan, Y. Bian, T. Fukuda, M. Yokoyama, R. Li, S. Neya, J. Jiang and N. Kobayashi : Homoleptic Lanthanide Triple-Deckers of 5,15-Diazaporphyrin with D2h Symmetry. Inorg. Chem., 43, 8242-8244 (2004)
  15. Y. Sato, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino : Computational Analysis on the Transient Movement of Helices in Sensory Rhodopsin II. Protein Sci., 14, 183-192 (2005)
  16. H. Ode, M. Ota, S. Neya, M. Hata, W. Sugiura and T. Hoshino: Resistant Mechanism against Nelfinavir of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Proteases. J. Phys. Chem. B, 109, 565-574 (2005)
  17. Y. Mie, C. Yamada, T. Uno, S. Neya, F. Mizutani, K. Nishiyama and I. Taniguchi : Notable Deuterium Effect on the Electron Transfer Rate of Myoglobin. Chem. Commun., 250-252 (2005)
  18. S. Neya, C.-K. Chang, D. Okuno, T. Hoshino, M. Hata and N. Funasaki : Control of Iron(III) Spin-State in the Model Complexes of Azide Hemoprotein by Porphycene, Corrphycene, and Hemiporphycene Macrocycles. Inorg. Chem., 44, 1193-1195 (2005)
  19. J. Hasegawa, K. Takata, T. Miyahara, S. Neya, M. J. Frisch, H. Nakatsuji : Excited States of Porphyrin Isomers and Porphycene Derivatives: A SAC-CI Study. J. Phys. Chem. B, 109, 3187-3200 (2005)
  20. M. Hata, Y. Hirano, T. Hoshino, R. Nishida, M. Tsuda : Theoretical Study on Monooxygenation Mechanism by Cytochrome P450: An Ultimate Species in the Substrate Oxidation Process. J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 722, 133-137 (2005)
  21. N. Funasaki, M. Fukuba, T. Kitagawa, M. Nomura, S. Ishikawa, S. Hirota, S. Neya: Reply to the Comment on “Two-Dimensional NMR Study on the Structures of Micelles of Sodium Taurocholate." J. Phys. Chem. B, 109, 9851-9852 (2005)
  22. M. Hata, Y. Tanaka, Y. Fujii, S. Neya, T. Hoshino: A Theoretical Study on the Substrate Deacylation Mechanism of Class C β-Lactamase. J. Phys. Chem. B , 109, 16153-16160 (2005)
  23. Y. Hirano, N. Shinmoto, M. Hata, M. Tsuda, T. Hoshino: Quantum Chemical Study on the Deacylation Step of Human Chymase. J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 757, 19-27 (2005)
  24. K. Nishiyama, T. Watanabe, T. Hoshino, I. Ohdomari: Analysis of Interactions between Green Fluorescent Protein and Si Substrates Using Molecular Dynamics Simulations. Jpn. J. Appl. Phys., 44, 8210-8215 (2005)
  25. K. Mori, M. Hata, S. Neya, T. Hoshino: Common Semiopen Conformations of Mg2+-free Ras, Rho, Rab, Arf, and Ran Proteins Combined with GDP and Their Similarity with GEF-bound Forms. J. Am. Chem. Soc., 127, 15127-15137 (2005)
  26. K. Iwamoto, H. Ode, M. Ohta, T. Misu, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino: Estimation of Ligand Receptor Binding Affinity from Fluctuation of Their Interface. Jpn. J. Appl. Phys., 44, L1370-L1372 (2005)

学会発表

  1. A. Tsuneshige, K. Kanaori, L. Giangiacomo, EmilIa Chiancone, S. Neya and T. Yonetani : Semihemoglobins: High Oxygen Affinity Dimeric Models of Human Hemoglobin Respond Efficiently to Allosteric Effectors without Forming Tetramers. 48th Annual Meeting of American Biophysical Society, Baltimore, USA (2004)
  2. 大胡惠樹，根矢三郎，中村幹夫：ジアザポルフィリン鉄(III)錯体の構造と物性．日本化学会第84春季年会講演予稿集I，133（2004）
  3. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：非対称性リン脂質二重膜の構築プログラムの開発とシミュレーションへの応用．フィジカルファーマフォーラム2004（PPF2004）要旨集，AIII-5（2004）
  4. 中嶋淳一郎，山崎真巳，佐藤慶治，星野忠次，斉藤和季：量子力学計算によるアントシアニジン生合成反応機構の解析．日本薬学会第124年会要旨集−２，151（2004）
  5. 畑　晶之，田中良和，藤井康之，石川英典，星野忠次，根矢三郎：クラスC　β−ラクタマーゼの基質脱アシル化反応機構．日本薬学会第124年会要旨集−３，８（2004）
  6. 木下智己，佐藤慶治，大日方千紘，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：分子動力学法を用いた抗体研究．日本薬学会第124年会要旨集−３，８（2004）
  7. 石川英典，藤井康之，畑　晶之，星野忠次，根矢三郎：ClassD　β−ラクタマーゼによる脱アシル化に関する分子動力学的研究．日本薬学会第124年会要旨集−３，８（2004）
  8. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之：ポルフィリン分子骨格変形による配位鉄原子の安定性制御．日本薬学会第124年会要旨集−３，17（2004）
  9. 大出裕高，太田雅美，畑　晶之，根矢三郎，杉浦　亙，星野忠次：HIV-1protease阻害剤耐性の分子動力学的評価．日本薬学会第124年会要旨集−３，29（2004）
  10. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Mg2+イオンと生体膜との相互作用の分子動力学シミュレーションによる解明．日本薬学会第124年会要旨集−３，30（2004）
  11. 幸　瞳，畑　晶之，石川英典，根矢三郎，星野忠次：π−π相互作用を加味した計算プログラムの開発．日本薬学会第124年会要旨集−３，30（2004）
  12. 片桐大輔，幸　瞳，庄司祐介，藤　秀義，星野忠次：計算機による薬物代謝酵素の代謝能評価．千葉大学及び千葉大学大学院薬学研究院重点経費事業公開研究発表会（2004）
  13. 畑　晶之：CYP3A4による薬物代謝機構：特にカルバマゼピンエポキシ化について．第242回CBI学会研究講演会「Cytochrome P450の分子計算」（2004）
  14. I. Ishii, Y. Kobayashi, M. Hata, N. Ariyoshi and M. Kitada : Theoretical Calculation of Triazolam Hydroxylation and Endogenous Steroid Inhibition in CYP3A4. 2nd Pharmaceutical Sciences World Congress (PSWC2004), Kyoto, Japan, Abstracts, 132 (2004)
  15. M. Kitada, M. Hata, N. Torimoto, N. Ariyoshi and I. Ishii : Lysine Residues Presented in Outer Side of Three-dimensional Modeling May Be Important in Occurrence of CYP3A7 Activities. 2nd Pharmaceutical Sciences World Congress (PSWC2004), Kyoto, Japan, Abstracts, 156 (2004)
  16. 庄司祐介，大出裕高，藤　秀義，横幕能行，根矢三郎，星野忠次：コンピューターシミュレーションでタンパク質構造予測はどこまで可能か？レトロウィルス研究会夏期セミナー（2004）
  17. 藤　秀義，庄司祐介，宮内浩典，星野忠次，根矢三郎，松田善衛，横幕能行：Non-Clade Bを含むHIV-1感染者由来env発現系の構築．レトロウイルス研究会夏期セミナー（2004）
  18. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之：ポルフィリン異性体による鉄(III)原子の幾何学的安定性およびスピン状態の制御．第14回金属の関与する生体関連反応シンポジウム, Yakugaku Zasshi, 124(Suppl. 1), 96-97 (2004)
  19. 大出裕高，畑　晶之，根矢三郎，杉浦　亙，星野忠次：分子動力学法を用いたHIV-1 Protease阻害剤耐性機構の解明．情報計算化学生物学会2004年大会予稿集，75-76 (2004)
  20. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：糖鎖自動構築プログラムの開発とシミュレーションへの応用．情報計算化学生物学会2004年大会予稿集，98-99 (2004)
  21. Y. Ohgo, S. Neya, M. Takahashi, M. Takeda and M. Nakamura : Molecular Structure and Physicochemical Properties of Diazaporphyrin Iron(III) Complexes. Third International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-3), New Orleans, USA, Abstracts, 785 (2004)
  22. 大胡惠樹，根矢三郎，中村幹夫：ジアザポルフィリン鉄(III)イソシアニド錯体の異常な電子配置．第54回錯体化学討論会講演要旨集，220（2004）
  23. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之：ポルフィリン異性体による鉄(III)原子の幾何学的安定性とスピンクロスオーバーの制御．第54回錯体化学討論会講演要旨集，343（2004）
  24. 三重安弘，水谷文雄，宇野公之，根矢三郎，Georges Hareau，西山勝彦，谷口　功：対称型プロトヘム再構成ミオグロビンの機能解析．第54回錯体化学討論会講演要旨集，390（2004）
  25. 畑　晶之，田中良和，京田直子，刑部泰輔，幸　瞳，石井伊都子，北田光一，根矢三郎，星野忠次：CYP3A4によるカルバマゼピン酸化機構．分子構造総合討論会2004プログラム， 49 (2004)
  26. 星野忠次，太田雅美，簾　貴士，大出裕高，畑　晶之，根矢三郎，横幕能行，佐藤武幸，杉浦　亙，布施　晃：計算機によるエイズウィルスの薬剤耐性評価．第48回日本薬学会関東支部大会講演要旨集，20（2004）
  27. 大出裕高，根矢三郎，畑　晶之，杉浦　亙，星野忠次：HIV-1プロテアーゼのアミノ酸変異による阻害剤耐性機構の解明．第48回日本薬学会関東支部大会講演要旨集，45（2004）
  28. 石川英典，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：ClassD　β−ラクタマーゼの基質脱アシル化反応機構．第48回日本薬学会関東支部大会講演要旨集，45（2004）
  29. 藤　秀義，横幕能行，庄司祐介，成田友之，宮内浩典，松田善衛，佐藤裕徳，星野洪郎，根矢三郎，星野忠次：HIVenvの迅速クローニング・発現・組み換えウイルス作製システムの構築と基礎・臨床応用．第48回日本薬学会関東支部大会講演要旨集，96（2004）
  30. H. Ishikawa, M. Hata, Y. Fujii, T. Hoshino and S. Neya : Deacylation Mechanism of Class D β-Lactamase. 44th Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Washington, DC, USA, ABSTRACTS, 74 (2004)
  31. 山上紗絵子，小林カオル，畑　晶之，細川正清，千葉　寛：ヒトPXRの活性化に関わるアミノ酸残基の同定．第19回日本薬物動態学会年会講演要旨集, 206（2004）
  32. 森　健一，星野忠次：生体脂質二重膜および糖鎖のモデリングツール．ナノテクノロジーフォーラム・ジョイントフェアー2004予稿集，32 (2004)
  33. 藤　秀義，田中真理，宮内浩典，松田善衛，有吉紅也，星野忠次，佐藤裕徳，横幕能行：HIV-1envの迅速なクローニング、発現および組み換えウイルス作成システムの構築．第52回日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集， 98（2004）
  34. 横山　勝，木ノ本正信，徳永研三，佐多徹太郎，長縄　聡，北村勝彦，蜂谷敦子，岡　慎一，服部知秀，田中真理，横幕能行，有吉紅也，星野忠次，仲宗根正，佐藤裕徳：計算科学のHIV-1研究への適用に関する基礎研究． 第18回日本エイズ学会学術集会・総会抄録集， 231（2004）
  35. 太田雅美，簾　貴士，大出裕高，畑　晶之，佐藤武幸，横幕能行，布施　晃，杉浦　亙，星野忠次：臨床応用に向けたコンピュータによるエイズ治療薬の適正予測．第18回日本エイズ学会学術集会・総会抄録集， 234（2004）
  36. 藤　秀義，田中真理，宮内浩典，松田善衛，星野忠次，有吉紅也，星野洪郎，佐藤裕徳，横幕能行：HIV-1envクローンライブラリー作成の試み−HIV-1envの迅速なクローニング、発現および組み換えウイルス作成システム構築−．第18回日本エイズ学会学術集会・総会抄録集， 311（2004）
  37. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：GM1/コレステロール/リン脂質混合系の分子動力学シミュレーション．日本生物物理学会第42年会講演予稿集， S79（2004）
  38. H. Ode, S. Neya, M. Hata, W. Sugiura and T. Hoshino : Insight into the Resistant Mechanism against HIV-1 Protease Inhibitor through Molecular Dynamics Simulations. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Semiconductor Nanotechnology -, Tokyo, Japan, 60-61 (2004)
  39. T. Hattori, M. Yokoyama, H. Sato and T. Hoshino : Computational Identification of HIV-1 Specific CTL Epitopes. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Semiconductor Nanotechnology -, Tokyo, Japan, 62-63 (2004)
  40. Y. Syoji, H. Fuji, Y. Yokomaku and T. Hoshino : Establishment of Human Immunodeficiency Virus Type1 Protease Activity Assay. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Semiconductor Nanotechnology -, Tokyo, Japan, 64-65 (2004)
  41. H. Fuji, Y. Yokomaku, Y. Syoji, T. Narita, K. Miyauchi, Z. Matsuda, H. Sato, H. Hoshino and T. Hoshino : Construction of HIV-1 env Clone Library -Rapid Cloning and Expression of HIV-1 env, and Production of Recombinant HIV-1-. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Semiconductor Nanotechnology -, Tokyo, Japan, 66-67 (2004)
  42. K. Nishiyama, T. Watanabe, T. Hoshino and I. Ohdomari : Molecular Dynamics Simulation on Interactions between Biomolecules and Semiconductor Surfaces. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Semiconductor Nanotechnology -, Tokyo, Japan, 68-69 (2004)
  43. D. Katagiri, H. Ode, H. Ishikawa, T. Hattori, Y. Syoji, H. Fuji and T. Hoshino: Ab initio Protein Structure Prediction. 6th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP 6), Gaeta, Italy (2004)
  44. D. Katagiri, H. Ode, H. Ishikawa, T. Hattori, Y. Syoji, H. Fuji and T. Hoshino: Ab initio Protein Structure Prediction. 2nd Student Addendum Conference to Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (SAC-CASP6), Gaeta, Italy (2004)
  45. 大胡惠樹，根矢三郎，中村幹夫：６配位ジアザポルフィリン鉄(III)錯体の構造と物性． 日本化学会第85春季年会講演要旨， 2C6-32（2005）
  46. 森　健一，高岡　翼，岩本光司，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：脂質マイクロドメインを指向した糖鎖・膜モデル化プログラムの構築とシミュレーションへの応用． フィジカルファーマフォーラム2005（PPF2005）要旨集， 16-17（2005）
  47. 藤　秀義，横幕能行，庄司祐介，成田友之，宮内浩典，松田善衛，佐藤裕徳，星野洪郎，根矢三郎，星野忠次：多様な表現型解析系に応用可能な臨床検体由来HIV-1 envクローンライブラリー作成システムの構築．フィジカルファーマフォーラム2005（PPF2005）要旨集， 54-55（2005）
  48. 森部久仁一，安藤　茂，畑　晶之，山本恵司：エテンザミド及び２-メトキシベンズアミドと尿素化合物との複合体形成：理論計算による複合化メカニズムの検討．日本薬学会第125年会講演要旨集-2，20（2005）
  49. 岩田　巧,　畑　晶之,　星野忠次，根矢三郎：非平面性ポルフィリン鉄(III)錯体への配位子の結合に関する分光学的理論的研究．日本薬学会第125年会要旨集-2， 26（2005）
  50. 高橋昭博,　畑　晶之,　星野忠次，根矢三郎：ポルフィセン鉄アジド錯体の分光学的性質．日本薬学会第125年会要旨集-2， 26（2005）
  51. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之：新しい鉄コルフィセン錯体の生物無機化学的性質。日本薬学会第125年会要旨集-2（2005）
  52. 大出裕高，根矢三郎，畑　晶之，杉浦　亙，星野忠次：HIV-1におけるプロテアーゼ阻害剤耐性の分子動力学的機構解析．日本薬学会第125年会要旨集-2， 41（2005）
  53. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：非対称性の生体膜に結合した低分子量Gタンパク質H-Rasの分子動力学シミュレーション。日本薬学会第125年会要旨集-2（2005）
  54. 高岡　翼，森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：分子動力学的手法を用いたウロキナーゼ型プラスミノーゲンアクチベーターの全体構造のモデル化．日本薬学会第125年会要旨集-2， 42（2005）
  55. 石川英典，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Class D β-ラクタマーゼの基質脱アシル化反応機構。日本薬学会第125年会要旨集-2（2005）
  56. 藤　秀義，横幕能行，庄司祐介，成田友之，宮内浩典，松田善衛，佐藤裕徳，星野洪郎，根矢三郎，星野忠次：多様な表現型解析系に応用可能な臨床検体由来HIV-1 envクローンライブラリー作成システムの構築．日本薬学会第125年会要旨集-3， 90（2005）
  57. 藤　秀義，横幕能行，星野忠次：臨床検体由来HIV-1 env クローンライブラリーの作成と応用 −バイオインフォマティクスの応用−．日本レトロウイルス研究会夏期セミナー2005プログラム，4（2005）
  58. S. Neya, T. Hoshino and M. Hata: FT-IR Analysis of the Iron Spin-State in the Core Modified Model Hemes for Azide Hemoprotein. The 15th Symposium on Role of Metals in Biological Reactions, Biology and Medicine, Osaka, Japan, Yakugaku Zasshi, 125(Suppl. 1), 27 (2005)
  59. S. Neya, T. Hoshino and M. Hata: Regulation of Geometric Stability and Spin-State of Iron(III) by Isomeric Porphyrinoids. 12th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC-12), Michigan, USA, Abstract-CD, 2BLR-154 (2005)
  60. A. Wongmekiat, Y. Tozuka, S. Neya and K. Yamamoto: Preparation of Drug Nanoparticles by Co-griding with Cyclodextrins: Factors Affecting Nanoparticle Formation Mechanism. 2005 Annual Meeting of American Association of Pharmaceutical Scientists, Baltimore, USA, Abstract-CD, radDE963 (2005)
  61. H. Ode, S. Neya, M. Hata, W. Sugiura and T. Hoshino : Molecular Dynamics Simulations of HIV-1 Protease -Insight into the Multi-drug Resistance Conferred by Non-active Site Mutation L90M-. 25th International CBI Conference, Yokohama, Japan, Proceedings, 44 (2005)
  62. K. Mori, T. Takaoka, K. Iwamoto, M. Hata, S. Neya, T. Hoshino : GLYMM: A Program for Modeling a 3D Structure of a Carbohydrate Chain and a Lipid Membrane: the Application to Molecular Dynamics Simulations of Glycolipid (GM1) Membranes. 25th International CBI Conference, Yokohama, Japan, Proceedings, 45 (2005)
  63. T. Hoshino, K. Nishiyama, T. Tanii, T. Watanabe, I. Ohdomari : Specific Adhesion of Biomolecules on the Nano-patterning Region of a Solid Surface. 2005 Symposium on Nanoscale Materials, Processes and Devices (2005 Joint Symposium of Standford Univ. & Waseda Univ.), Hawaii, USA (2005)
  64. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：糖鎖・生体膜モデルの分子動力学シミュレーション．日本機械学会第18回計算力学講演会講演論文集［05-2］， 441-442（2005）
  65. 根矢三郎：人工酸素運搬体開発に向けた鉄ポルフィリン錯体の分子設計戦略．第１回千葉大学薬学研究院分析化学・物理化学リカレント講座要旨集，５（2005）
  66. 高橋昭博，星野忠次，畑　晶之，高橋　正，池崎　章，中村幹夫，平松弘嗣，北川禎三，根矢三郎：ポルフィセン鉄(III)アジド錯体の電子構造解析．第55回錯体化学討論会講演要旨集，110（2005）
  67. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之：新しいコルフィセン鉄化合物を含むミオグロビンの機能評価．第55回錯体化学討論会講演要旨集，111（2005）
  68. 根矢三郎，全　景順，星野忠次，畑　晶之：ピロール位に４級ブチル基をもつポルフィリンからの新規ポルフィン合成法．第55回錯体化学討論会講演要旨集，315（2005）
  69. 小山　舞，根矢三郎，水谷泰久：ミオグロビンの振動エネルギー緩和におけるプロピオン酸基の効果．2005年分子構造総合討論会発表要旨集，37-38（2005）
  70. 大出裕高，杉浦　亙，星野忠次：CRF01_AE NH1 N88S HIV-1 PRにおけるNFV耐性のコンピューター・シミュレーションによる機構解明．第53回日本ウイルス学会プログラム，25（2005）
  71. 松田昌和，有吉紅也，柿澤淳子，西澤雅子，三浦秀佳，千葉智子，植田知幸，大出裕高，星野忠次，杉浦　亙：HIV-1 CRF01_AEにおけるNelfinavir耐性変異N88Sの耐性化機序の解析．第53回日本ウイルス学会学術集会
  72. 森　健一，高岡　翼，岩本光司，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：糖鎖・生体膜自動モデル化プログラムの構築とシミュレーションへの応用．日本膜学会膜シンポジウム2005プログラム集
  73. 大出裕高，杉浦　亙，星野忠次：コンピューター・シミュレーションによるCRF01_AE NH1 N88S HIV-1 PRのNFV耐性機構の解明．第19回日本エイズ学会学術集会・総会抄録集，143（2005）
  74. 藤　秀義，大出裕高，森　健一，星野忠次：生体分子計算向けソフトウェア開発．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム Abstracts，26-29（2005）
  75. 岩本光司，星野忠次：分子動力学計算による抗体親和性評価法の確立．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム
  76. 高岡　翼，星野忠次：AutoDockとクラスター分析を使用した直鎖状糖鎖とタンパク質複合体モデルの作成．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム
  77. 高村　斉，星野忠次：新規Protease Inhibitorの開発のための合成研究．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム
  78. 森　健一，星野忠次：アミロイドβタンパク質と細胞膜との相互作用シミュレーション．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム
  79. 大出裕高，松山　翔，畑　晶之，根矢三郎，杉浦　亙，星野忠次：HIV-1 PR Non-active Site変異による阻害薬耐性機構の分子動力学的解析．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム
  80. 成田友之，星野忠次：HIV-1プロテアーゼの新規ハイスループット活性評価システム構築．早稲田大学COE「分子ナノ工学拠点形成」公開シンポジウム

単行書

  1. 根矢三郎（分担）：Ｉ．物質の物理的性質．スタンダード薬学シリーズ２物理系薬学，日本薬学会編，東京，東京化学同人，pp. 50-59（2005）
  2. 根矢三郎（分担）：８．細胞と細胞膜．薬学のための無機化学，桜井　弘編著，京都，化学同人，pp. 123-136（2005）
  3. 根矢三郎（分担）：10．生体酸化還元系．薬学のための無機化学，桜井　弘編著，京都，化学同人，pp. 151-163（2005）

研究報告書 (平成16, 17年度)

  1. 星野忠次（代表），畑　晶之（分担）：計算機を活用したHIVの薬剤耐性評価．（H15-エイズ-023）平成16年度厚生労働科学研究費補助金（エイズ対策研究事業）総括・分担研究報告書（2005）
  2. 星野忠次（代表）：計算機を活用したHIVの薬剤耐性評価．（H15-エイズ-023）厚生労働科学研究費補助金（エイズ対策研究事業）総合研究報告書（2005）
  3. 星野忠次（代表）：計算機による特異的抗体設計法の確立．科学技術振興機構戦略的創造研究事業「さきがけ研究」平成16年度下半期研究進捗報告書（2005）
  4. 畑　晶之（代表）：クラスC　β−ラクタマーゼによる抗生物質不活化機構に関する研究．（14771305）平成16年度科学研究費補助金（若手研究B）研究実績報告書（2005）
  5. 片桐大輔（代表）：タンパク質立体構造予測プログラムの開発．平成16年度日本学術振興会特別研究員報告書（2005）
  6. 森　健一（代表）：細胞内マグネシウム濃度変化によるＧ蛋白質制御機構の計算機シミュレーションによる解明．平成16年度日本学術振興会特別研究員報告書（2005）
  7. 片桐大輔（代表）：タンパク質立体構造予測プログラムの開発．（16・3608）平成16年度科学研究費補助金実績報告書（2005）
  8. 森　健一（代表）：細胞内マグネシウム濃度変化によるＧ蛋白質制御機構の計算機シミュレーションによる解明．（16・3636）平成16年度科学研究費補助金実績報告書（2005）
  9. 星野忠次（代表），畑　晶之，片桐大輔，森　健一，石川英典，幸　瞳，太田雅美，服部知秀，大出裕高（分担）：生体分子の機能発現反応に関する理論的研究．平成16年度自然科学研究機構岡崎共通研究施設計算科学研究センターレポートNo. 5，40-43（2005）
  10. 星野忠次（代表）：計算機による特異的抗体設計法の確立．科学技術振興機構戦略的創造研究事業「さきがけ研究」平成17年度上半期研究進捗報告書（2005）
  11. 星野忠次（代表）：計算機による特異的抗体設計法の確立．科学技術振興機構戦略的創造研究事業「さきがけ研究」平成17年度下半期研究進捗報告書（2006）
  12. 星野忠次（分担）：分子ナノ工学の構築とマイクロシステムへの展開．（13CE2003）文部科学省科学研究費特別推進研究（COE）最終年度実績報告書（2006）
  13. 片桐大輔（代表）：タンパク質立体構造予測プログラムの開発．平成17年度日本学術振興会特別研究員報告書（2006）
  14. 森　健一（代表）：細胞内マグネシウム濃度変化によるＧ蛋白質制御機構の計算機シミュレーションによる解明．平成17年度日本学術振興会特別研究員報告書（2006）
  15. 大出裕高（代表）：HIV-1プロテアーゼにおける阻害剤耐性機構の解明および新規阻害剤の創製．平成17年度日本学術振興会特別研究員報告書（2006）
  16. 片桐大輔（代表）：タンパク質立体構造予測プログラムの開発．（16・3608）平成17年度科学研究費補助金実績報告書（2006）
  17. 森　健一（代表）：細胞内マグネシウム濃度変化によるＧ蛋白質制御機構の計算機シミュレーションによる解明．（16・3636）平成17年度科学研究費補助金実績報告書（2006）
  18. 大出裕高（代表）：HIV-1プロテアーゼにおける阻害剤耐性機構の解明および新規阻害剤の創製．（17・4147）平成17年度科学研究費補助金実績報告書（2006）
  19. 藤　秀義（代表），片桐大輔，星野忠次（分担）：標的タンパク質とリガンドの結合様式予測プログラムの開発．千葉大学総合メディア基盤センター共同研究報告書（2006）
  20. 藤　秀義（代表）：臨床検体由来HIV-1 Envのアミノ酸変異の多様性と構造変化の解析．平成17年度千葉大学重点経費事業（学長裁量経費）研究報告書（2006）
  21. 星野忠次（代表），畑　晶之，片桐大輔，森　健一，佐藤慶治，大出裕高，庄司祐介，藤　秀義（分担）：生体分子の機能発現反応に関する理論的研究．平成17年度自然科学研究機構岡崎共通研究施設計算科学研究センターレポートNo. 6（2006）
  22. 根矢三郎（代表）：赤外線振動分光法によるヘムタンパク質補欠分子族の変形と配位子結合特性の解析．平成17年度自然科学研究機構岡崎共通研究施設分子科学研究所協力研究実施報告書，5-7（2006）
  23. 根矢三郎（代表）：アザポルフィリンおよび関連化合物の鉄錯体の磁気特異性の解明． 平成17年度自然科学研究機構岡崎共通研究施設ナノスケールサイエンスセンター施設利用実施報告書，12（2006）

その他

  1. 畑　晶之：理論的な抗生物質開発を目指して−いたちごっこに終止符を！−．日本薬学会第124年会講演ハイライト，10（2004）
  2. 藤　秀義，横幕能行，庄司祐介，成田友之，宮内浩典，松田善衛，佐藤裕徳，星野洪郎，根矢三郎，星野忠次：HIVenvの迅速クローニング・発現・組み換えウイルス作製システムの構築と基礎・臨床応用．第48回日本薬学会関東支部大会優秀発表賞，（社）日本薬学会　関東支部（2004）
  3. 大出裕高，畑　晶之，根矢三郎，杉浦　亙，星野忠次：コンピューターシミュレーションでミクロ世界を再現〜薬剤耐性HIVの謎に迫る〜．日本薬学会第125年会講演ハイライト，26（2005）
  4. 森　健一，高岡　翼，岩本光司，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：脂質マイクロドメインを指向した糖鎖・膜モデル化プログラムの構築とシミュレーションへの応用．総合優秀論文賞，フィジカルファーマフォーラム2005（PPF2005）（社）日本薬学会　物理系薬学部会
  5. 藤　秀義，横幕能行，庄司祐介，成田友之，宮内浩典，松田善衛，佐藤裕徳，星野洪郎，根矢三郎，星野忠次：多様な表現型解析系に応用可能な臨床検体由来HIV-1 envクローンライブラリー作成システムの構築．部門優秀論文賞，フィジカルファーマフォーラム2005（PPF2005）（社）日本薬学会　物理系薬学部会
  6. 藤　秀義，横幕能行，星野忠次：臨床検体由来 HIV-1 envクローンライブラリーの作成と応用 −バイオインフォマティクスの応用−．Best Presentation Award，日本レトロウイルス研究会
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